幻の隠密部隊、新撰組零番隊組長「真田小次郎」。
彼は任務に忠実で、規律に厳しく、
零番隊隊士達の心の支えとなっている。
しかし約半年前、零番隊の任務であった
「地獄門調査」が突然「鷲塚慶一郎」の単独捜査へと
切り替わってしまった。
事の発端は、脱隊者「紫鏡」を取り逃がしたことであった。
そして「紫鏡」との闘いで幾名かの隊士を失い、
零番隊の存在意義が問われる中、
再び「地獄門調査」の任務が命ぜられる。
零番隊の存在意義を証明し、仇敵「紫鏡」を討つべく、
孤高の狼は「地獄門」を目指すのであった。